Наукові записки НаУКМА. Біологія та екологія

Permanent URI for this community

https://ekmair.ukma.edu.ua/handle/123456789/14703
Періодичне фахове видання "Наукові записки НаУКМА. Біологія та екологія" є друкованим засобом масової інформації, науковим рецензованим журналом відкритого доступу, що оприлюднює статті з біологічної та екологічної проблематики.

Browse

Browsing Наукові записки НаУКМА. Біологія та екологія by Author "Блюм, Ярослав"

Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    Аналіз однонуклеотидних поліморфізмів у послідовностях генів Pina та Pinb диплоїдних пшениць Triticum monococcum і T. urartu
    (Національний університет "Києво-Могилянська академія", 2024) Созінова, Оксана; Блюм, Ярослав
    Пуроіндоліни (пуроіндолін а і пуроіндолін b) – низькомолекулярні білки, що визначають текстуру ендосперму зерна видів триб Triticeae та Avenae. Метою цієї роботи був аналіз однонуклеотидних поліморфізмів (SNP) кодуючих послідовностей генів Pina та Pinb диплоїдних пшениць Triticum monococcum (AmAm) і T. urartu (AA) з бази даних NCBI порівняно з референсними послідовностями сорту пшениці м’якої Chinese Spring (CS). З бази даних NCBI було відібрано 62 послідовності гена пуроіндоліну а T. monococcum (Pina-Am1), 22 послідовності Pina T. urartu (Pina-A1), 32 послідовності гена пуроіндоліну b T. monococcum (Pinb-Am1) і 13 послідовностей Pinb T. urartu (Pinb-A1). Як референсні послідовності використовували послідовності гена пуроіндоліну a (алель Pina-D1a) DQ363911.1 сорту CS та гена пуроіндоліну b (алель Pinb-D1a) DQ363913.1 CS з бази даних NCBI. Послідовності вирівнювали з використанням програми MEGA 11. Всього в загальній вибірці 84 послідовностей Pina диплоїдних пшениць ідентифіковано 34 SNP (13 синонімічних відмінностей, 21 несинонімічних, з яких 15 призводять до радикальних амінокислотних замін, 6 – до консервативних), частина з яких спостерігались у всіх послідовностях, а частина були поодинокими. Серед 45 послідовностей Pinb трапляється 36 SNP, але, на відміну від гена Pina, тут переважали синонімічні заміни (22); 7 замін призводили до радикальних амінокислотних замін та ще 7 – до консервативних. Заміни в послідовностях пуроіндолінових генів відносно генів CS можна розподілити на фіксовані в обох видів диплоїдних пшениць, ті, що фіксовані в T. urartu і за якими є поліморфізм у T. monococcum, та специфічні для кожного виду. Виявлено істотні відмінності в частотах трапляння альтернативних нуклеотидів у певних позиціях (81, 318, 322 і 384 Pina та 135 і 359 Pinb) у дикорослої пшениці T. monococcum ssp. aegilopoides і культивованої однозернянки T. monococcum ssp. monococcum.
  • Thumbnail Image
    Item
    Однонуклеотидні поліморфізми в послідовностях гена Pina деяких диплоїдних видів роду Aegilops
    (2025) Созінова, Оксана; Блюм, Ярослав
    Види роду Aegilops L. є генетичним ресурсом для перенесення нових генів, зокрема нових алелів генів пуроіндолінів, у пшеницю м’яку. Пуроіндоліни a і b – низькомолекулярні білки, які визначають текстуру ендосперму зерна у Triticum aestivum та споріднених видів. Мета роботи – аналіз частот трапляння однонуклеотидних поліморфізмів (SNP) кодуючих послідовностей гена Pina диплоїдних видів егілопсів порівняно з референсною послідовністю сорту T. aestivum Chinese Spring серед послідовностей, представлених у базі NCBI. З бази даних NCBI було відібрано послідовності гена Pina диплоїдних видів егілопсів: 32 послідовності Ae. speltoides, 8 послідовностей Ae. bicornis, 5 послідовностей Ae. sharonensis, 6 послідовностей Ae. searsii, 8 послідовностей Ae. caudata, 10 послідовностей Ae. comosa та 14 послідовностей Ae. umbellulata. Як референсну послідовність використовували послідовність гена пуроіндоліну a (алель Pina-D1a) DQ363911.1 сорту CS. Послідовності вирівнювали за допомогою програми MEGA 11. Серед проаналізованих послідовностей гена Pina Ae. speltoides, Ae. bicornis, Ae. sharonensis, Ae. searsii, Ae. caudata, Ae. comosa, Ae. umbellulata сумарно виявлено SNP у 61 позиції кодуючої послідовності. У різних видів було від 11 до 30 SNP. Види егілопсів охарактеризовано за частотами трапляння нуклеотидних замін. У більшості видів егілопсів переважають несинонімічні заміни. SNP у двох позиціях трапляються у всіх досліджених диплоїдних видів егілопсів, а сім SNP є притаманними лише видам секції Sitopsis. Серед усіх проаналізованих видів егілопсів тільки Ae. searsii має SNP, що є унікальними для виду і зафіксовані у всіх представлених у базі даних послідовностях.