184: Біологія та екологія
Permanent URI for this collection
Browse
Browsing 184: Біологія та екологія by Subject "bisulfite sequencing"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TaMSH7(2016) Михайлик, Сергій; Антонюк, МаксимЗа результатом зіставлення послідовності кДНК гена TaMSH7 та послідовності 3В хромосоми Triticum aestivum встановлено, що ген TaMSH7 має 15 інтронів і на 3B хромосомі локалізований у положенні від 119371926 до 119373011. Дослідження 5’UTR ділянок генів MSH7 дев’яти рослин, в тому числі злаків Oryza sativa та Zea mays, вказує на те, що послідовність кДНК гена TaMSH7 ймовірно є вкороченою з 5’-кінця. Враховуючи ці дані, кандидатом на точку ініціації трансляції виступає кодон ATG у положенні 433-435 нуклеотидів перед геном. На основі аналізу ймовірної промоторної ділянки гена TaMSH7 встановлено велику кількість CpG точок метилювання, рівень метилювання яких може вказати на особливості регуляції експресії гена у геномах інтрогресивних ліній. Послідовність довжиною 816 нуклеотидів перед імовірним сайтом ініціації трансляції гена TaMSH7 містить 75 CpG сайтів метилювання і є мішенню для розробки праймерів з метою бісульфітного секвенування та встановлення рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки. З використанням програмного забезпечення Bisulfite Primer Seeker, розробленого фірмою Zymo (Irvine, CA, США), вдалося отримати послідовності праймерів, що охоплюють 31 сайт метилювання у ймовірній промоторній ділянці гена TaMSH7. Перевірка рівня метилювання CpG сайтів цієї ділянки дасть змогу вказати на особливості експресії гена TaMSH7. Порівняння рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки гена TaMSH7 інтрогресивних ліній пшениці та їхніх батьківських форм дозволить встановити, чи впливає на рівень метилювання промоторного регіону досліджуваного гена наявність або відсутність чужинного генетичного матеріалу у геномі.