Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TaMSH7
Loading...
Date
2016
Authors
Михайлик, Сергій
Антонюк, Максим
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
За результатом зіставлення послідовності кДНК гена TaMSH7 та послідовності 3В хромосоми
Triticum aestivum встановлено, що ген TaMSH7 має 15 інтронів і на 3B хромосомі локалізований у положенні від 119371926 до 119373011. Дослідження 5’UTR ділянок генів MSH7 дев’яти рослин, в тому
числі злаків Oryza sativa та Zea mays, вказує на те, що послідовність кДНК гена TaMSH7 ймовірно є
вкороченою з 5’-кінця. Враховуючи ці дані, кандидатом на точку ініціації трансляції виступає кодон
ATG у положенні 433-435 нуклеотидів перед геном. На основі аналізу ймовірної промоторної
ділянки
гена TaMSH7 встановлено велику кількість CpG точок метилювання, рівень метилювання яких може
вказати на особливості регуляції експресії гена у геномах інтрогресивних ліній. Послідовність довжиною 816 нуклеотидів перед імовірним сайтом ініціації трансляції гена TaMSH7 містить 75 CpG сайтів метилювання і є мішенню для розробки праймерів з метою бісульфітного секвенування та встановлення рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки. З використанням програмного забезпечення
Bisulfite Primer Seeker, розробленого фірмою Zymo (Irvine, CA, США), вдалося отримати
послідовності праймерів, що охоплюють 31 сайт метилювання у ймовірній промоторній ділянці гена
TaMSH7. Перевірка рівня метилювання CpG сайтів цієї ділянки дасть змогу вказати на особливості
експресії гена TaMSH7. Порівняння рівня метилювання ймовірної промоторної ділянки гена TaMSH7
інтрогресивних ліній пшениці та їхніх батьківських форм дозволить встановити, чи впливає на рівень метилювання промоторного регіону досліджуваного гена наявність або відсутність чужинного
генетичного матеріалу у геномі.
Description
Comparison of cDNA sequences of TaMSH7 gene and Triticum aestivum 3B chromosome revealed that
TaMSH7 containі 15 introns and is localized in the position from 119371926 to 119373011 on 3B chromosome.
Analysis of nine MSH7 5’UTR derived from different plants species, including cereals Oryza sativa and
Zea mays, indicates that the cDNA sequence of TaMSH7 is probably shortened from 5’-end. Considering these
data, a possible translation initiation codon ATG is located at 433-435 nucleotides upstream to the available
cDNA gene sequence. Based on the analysis of the predicted promoter region of TaMH7 gene, a large number
of CpG methylation points were determined. The methylation level of such points can reveal the features of
gene expression regulation in the genomes of introgressive lines. An 816 bp sequence upstream to predicted
TaMSH7 translation initiation site contains 75 CpG methylation sites and becomes a target for bisulfite sequencing
to establish the predicted promoter region methylation level. The sequences of primers covering 31
site of methylation in the predicted promoter region of TaMSH7 gene were obtained by Bisulfite Primer Seeker
software developed by Zymo (Irvine, CA, USA). Evaluating the level of CpG sites methylation within the
predicted promoter region allows to specify features of TaMSH7 gene expression in Triticum aestivum. Possible
differences in the methylation level of TaMSH7 predicted BY THE gene promoter region in genomes of introgressive
wheat lines and in genomes of their parental forms may show if the presence of alien genetic material
in genome affects the level of methylation within the promoter region of the studied gene.
Keywords
TaMSH7, MSH7, промоторна ділянка гена, 5’UTR, сайт ініціації трансляції, бісульфітне секвенування, СpG точка метилювання, gene promoter region, translation initiation site, bisulfite sequencing, CpG methylation site
Citation
Михайлик С. Ю. Біоінформатичний аналіз промоторної ділянки гена TTaaMMSSHH7 / Михайлик С. Ю., Антонюк М. З. // Наукові записки НаУКМА : Біологія та екологія. - 2016. - Т. 184. - С. 3-9.